Kommissionens kritik gick ut på att det nuvarande svenska förslaget inte innehåller tillräckligt med områden med vissa av de naturtyper och arter som är listade i habitatdirektivets bilaga 1 och 2. Därmed kan inte målen med direktivet uppnås. Områden som valts ut med det andra direktivet som grund, fågeldirektivet, är redan med i Natura 2000 och berörs inte av denna kritik.
Enligt kommissionen är 50 arter och 40 naturtyper i den boreala regionen (som utgör större delen av Sverige) bristfälligt representerade i Sveriges urval. I den alpina regionen nämns ett tjugotal arter och ett par naturtyper. Den kontinentala regionen var inte med vid utvärderingen. Dessutom finns det ytterligare naturtyper och arter som av olika anledningar behöver kompletteras och förstärkas i nätverket.
Totalt i Sverige förekommer 91 av de naturtyper och 105 av de arter som särskilt pekas ut i habitatdirektivet. Det är alltså i en ganska stor andel av dessa som det svenska förslaget har brister.
Skydd av utter duger inte
Exempel på naturtyper i den boreala regionen som enligt kommissionen behöver få stärkt representation i Natura 2000 är havsstrandängar av Östersjötyp, naturliga större vattendrag av fennoskandisk typ, högört-ängar, högmossor och västlig taiga. Exempel på boreala arter är utter, större vattensalamander, ekoxe, flodpärlmussla och en rad kärlväxter, bl a bottenviksmalört, norna, flytsvalting och gotlandssippa.
Ska kompletteras
Naturvårdsverket och länsstyrelserna har nu fått i uppdrag av regeringen att komplettera urvalet av områden och arter. När det gäller redan skyddade områden är det inga problem att föreslå fler Natura 2000-områden. Vissa geografiska områden kan bedömas ha ett tillräckligt skydd (för Natura 2000-sammanhanget) enligt miljöbalkens kap. 4. Det gäller bl a nationalälvar och vissa andra älvsträckor samt de fjällområden och sjöar som omfattas av bestämmelser i miljöbalkens kap. 4. Här ger regeringens beslut om Natura 2000-områden i december 1998 viss vägledning.
För att bristerna ska rättas till behöver dock med all säkerhet även oskyddade områden föreslås. Det nya förslaget ska vara färdigt i april 2000.