När CBM omorganiserades 2006 var en av avsikterna att effektivt täcka in Sveriges naturtyper och tilldela en ansvarig handläggare, eller företrädare, för varje sådan naturtyp. Systemet är ännu inte komplett – bland annat saknas ännu ett marint ämnesområde. Fram till omorganisationen förekom ett brett men utspritt arbete med skogliga frågor. Sedan ämnesområdet  skog och vatten inrättades, har detta arbete samlats under samma tak. Arbetet leds nu av Johnny de Jong, som tillför CBM stor kompetens på skogssidan.

Bland det arbete som har gjorts hittills märks en utredning om hur biologisk mångfald behandlas i miljökonsekvensbeskrivningar (CBM:s skriftserie 11), betydelsen av död ved för mångfalden i skogen (Naturvårdsverkets rapport 5413), samt hur populationsdynamiken hos skogslevande arter hänger samman med förändringar i landskapet (CBM:s skriftserie 7). Johnny de Jong har också ett särskilt intresse för fladdermöss.

Annars är det genom forskningsprogrammet Naturvårdskedjan som mycket av CBM:s arbete med skog har gjorts. Programmet syftar till att skapa verktyg för effektivare naturvård generellt, men tyngdpunkten i forskningen ligger på skogsmiljö.

Under hösten 2006 knöts professor Joakim Hjältén till CBM och arbetar tillsammans med Johnny de Jong med CBM:s verksamhet i Umeå, som idag främst är inriktad på skog. Kontoret i Umeå skapades i samarbete med SLU och invigdes officiellt i maj 2007.