Sverige har en rik förekomst av sötvatten av god kvalitet. Trenden är att kvaliteten sakta blir bättre med undantag för kvicksilverhalterna, men det är ändå långt kvar tills alla vatten kan klassas som god status enligt vattendirektivet.
Hela nio procent av Sveriges yta täcks av sjöar. Antalet sjöar större än en hektar uppgår till cirka 102 000 enligt SMHI:s sjöregister. Av dessa är cirka 97 000 mindre än 1 km2. Vattendragens samlade längd uppgår enligt Översiktskartan (skala 1:100 000) till 527 000 km.
Omfattande övervakning
Tillståndet i Sveriges sjöar har tidigare övervakats genom riksinventeringar vart femte år, med provtagning i tusentals slumpade sjöar. Den senaste riksinventeringen genomfördes 2005 och omfattade knappt 2 000 sjöar. 2007 ersattes riksinventeringarna av ett omdrevsprogram där 4 800 sjöar provtas varje år. Någon motsvarande yttäckande övervakning av vattendrag pågår inte, däremot sker en omfattande provtagning i ett urval av vattendragen. Vattenkemin har undersökts i alla större flodmynningar varje månad sedan 1960-talet.
I det nationella programmet för trendvattendrag ingår 67 utvalda små och mellanstora vattendrag med vattenkemisk och i de flesta fall även biologisk provtagning. Motsvarande program finns också för sjöar. Utöver den nationella övervakningen sker en omfattande provtagning i regional regi där både vattenkemi och biologiska parametrar ingår.
Försurning
Riksinventeringen 2005 visade att fem procent av Sveriges sjöar är försurade. Det är en halvering sedan 1970-talet när problemen var som störst. Försurningen är allvarigast i sydvästra Sverige där mer än hälften av sjöarna var drabbade under de värsta åren. Fortfarande är en fjärdedel av dessa sjöar försurade och kommer så att vara under en lång tid framöver. Vattendragen bedöms vara drabbade i åtminstone samma utsträckning.
I Norrland förekom försurningsproblem främst i vattendrag i samband med surstötar under vårfloden. Fenomenet är starkt kopplat till svavelhalten i nederbörden, och när depositionen nu gått ner har också försurningsproblemen till stor del försvunnit.
Övergödning
Illustration: Oloph Demker
Det är i första hand fosfor som orsakar övergödning i sötvatten. Vid halter över 25 µg/l är risken stor för massutveckling av växtplankton som kan orsaka syrebrist när de dör och sjunker till botten. 2005 hade 10 % av sjöarna fosforhalter över 25 µg/l. Utvecklingen har inte varit lika positiv som när det gäller försurningen, men en viss förbättring kan skönjas. En analys av tidsserier av fosforhalten i några jordbruksåar från 1993 till 2004 visade att fosforhalten minskade med mellan tre och åtta procent per år. Det fanns ett visst samband mellan minskningen och omfattningen av anlagda kantzoner.
Kvicksilver
Kvicksilverhalten i fisk är idag 3–5 gånger högre än i den naturliga bakgrundsnivån. Halterna är högst i toppredatorer som abborre och gädda i näringsfattiga bruna vatten. Det senaste decenniet finns en tendens till ökning av halterna. Kvicksilver kommer, precis som försurande svavel, främst från förbränning av fossila bränslen. Nedfallet är fortfarande så högt att kvicksilver ackumuleras i marken, vilket troligen är orsaken till att halterna i fisk ökar.
Organiska miljögifter
Växtskyddsmedel som används inom jordbruket kan läcka ut till vattnet. Sedan 2002 analyseras växtskyddsmedelsrester i sex mindre vattendrag i södra Sverige. Halterna är för det mesta låga, men ibland förekommer halter som kan vara skadliga för organsimerna i vattendragen. Rester av läkemedel har också hittats i Fyrisån i Uppsala inom ett nystartat forskningsprojekt.