Släktet Canis, med vargar, hundar och schakaler, har nyligen genomgått stora taxonomiska förändringar. I en förteckning från 2005 listades sex arter i släktet, varav arten Canis lupus rymde både den vanliga vargen och tamhun­den. Idag består släktet Canis av åtta arter, men två av de ursprungliga arterna har förts till ett eget släkte. De flesta artnamnen har därmed ändrats eller fått ny innebörd, som en följd av nya vetenskapliga rön. Detta har givit konse­kvenser för alla former av naturvårdsinsatser, till exempel i lagstiftning, konventioner och rödlistning.

Studier av hunddjurens inbördes släktskap visade att strimmig schakal och schabrakscha­kal är mer avlägset släkt med vargen (Canis lupus) än vad asiatisk vildhund (Cuon alpinus) och hyenhund (Lycaon pictus) är. De har flyt­tats till ett eget släkte och heter nu Lupulella adusta respektive L. mesomelas. Den abessinska schakalen (Canis simensis) är närmare släkt med vargen än med någon schakalart, och bör benämnas simienvarg på svenska. Den fjärde arten schakal, guldschakal (C. aureus), har visat sig bestå av två arter, och populationen i Afrika urskiljs nu som afrikansk varg (C. lupaster).

I Nordamerika har vargen delats upp i tre arter, med C. lupus i strikt bemärkelse i norra och västra delen av kontinenten, och östlig skogsvarg (C. lycaon) och rödvarg (C. rufus) i öster. I Nordamerika har också många under-arter av C. lupus slagits ihop, medan man i Europa numera urskiljer den iberiska och den italienska vargen som egna underarter, C. lupus signatus respektive C. l. italicus.

Tamhunden har separerats från vargen, och kallas nu C. familiaris. Denna art rymmer även de förvildade tamhundarna i Sydostasien, Nya Guinea och Australien (dingo). Tamhunden har domesticerats från varg, för omkring 25 000–40 000 år sedan, sannolikt vid två tillfällen, men inte från någon av de nu existerande underarterna av varg. Möjligen skedde separationen från arten C. lupus långt tidigare än själva domesticeringen, vilket motiverar att räkna hunden som en egen art.

Hybridisering har förekommit mellan flera arter i släktet Canis, både mycket tidigt i arter­nas historia, och i sen tid. Östliga skogsvargen och rödvargen har sannolikt uppstått efter hybridisering mellan varg och prärievarg, och afrikanska vargen genom hybridisering mellan varg och simienvarg. Sådana genutbyten har gjort det besvärligt att utforska släktets utveck­lingshistoria, och har även konsekvenser för hur naturvården betraktar arterna. Hybrid-populationer ses oftast inte som skyddsvärda, om de uppstått i sen tid som ett resultat av mänsklig påverkan, vilket är fallet med den population av hunddjur som nu lever i nord-östra USA, kallad ”coywolf ”, eftersom den består av hybrider mellan invaderande präri­evargar (coyote, C. latrans), inhemska östliga skogsvargar och tamhundar.