En global förlust av en art har stor evolutionär betydelse, eftersom en miljoner år gammal utvecklingslinje släcks. Förändringar i den lokala artsammansättningen, och den kraftiga nedgång i populationsstorlek som ett funktionellt utdöende innebär, kan dock ge lika stora omedelbara effekter på ekosystemet. Ett kollapsat fiskbestånd betyder att arten inte längre bidrar till näringsväven, eller till ekosystemtjänster, även om arten inte är globalt utrotad.
Alla arter interagerar med andra arter, och försvinner en art påverkas de andra arterna. Det leder till ändrade beteendemönster, populationsstorlekar, evolutionära processer, och i förlängningen ändrade ekosystemfunktioner. Ofta är det inte bara en art som påverkas, utan flera, som i sin tur påverkar andra arter. Sådana kaskadeffekter sprider sig ofta via ekosystemets näringskedjor. Ett vanligt mönster är att stora rovdjur och stora växtätare är de arter som utrotas först. Om de utrotade arterna längst upp i näringskedjan hade en starkt reglerande funktion på arter längre ned i kedjan kan man vänta sig radikala förändringar i hela näringskedjan. Sådana trofiska kaskader har observerats i alla naturtyper. När havsuttern försvann från Nordamerikas västkust ökade sjöborrarna, medan kelpen minskade. När puman försvann ökade hjortarna, medan lövträd, grod-och kräldjur och fjärilar minskade. När lejon och leopard försvann ökade babianen, medan små apor och små hovdjur minskade. Återinförandet av varg i Yellowstone ledde till färre wapitihjortar och prärievargar, vilket gynnade gaffelbock och små däggdjur. Träd och buskar ökade, vilket gav mer fåglar, och bävrar, som ändrade på vattendragens morfologi och hydrologi. Stora djur är inte bara passagerare i ekosystemen, de styr i hög grad processerna.
Utdöendets kaskadeffekter kan också leda till ytterligare utdöenden. Stellers sjöko dog ut, men inte bara på grund av att människan jagade arten, utan därför att havsuttern jagats till funktionellt utdöende, så att sjöborrarna förökade sig och åt upp de kelpskogar som sjökon levde av. När den australiensiska dingon utrotades lokalt ökade de invasiva främmande katterna, rävarna och kaninerna, som sedan gjorde processen kort med inhemska djur och växter. Baserat på kända ekologiska interaktioner mellan arter har det beräknats att om de rödlistade arterna skulle dö ut riskerar ytterligare 6300 arter att dö ut eftersom de är beroende av de listade. I synnerhet patogener, parasiter och arter som lever i symbios förväntas vara sårbara om deras värdarter dör ut. Uppskattningsvis är 30–40 % av alla arter beroende av värdarter. I jordens 34 botaniska hotspots lever 150 371 endemiska växtarter. Var och en av dem har i snitt 5,3–10,6 monofaga herbivora insekter*. Upp till 547 000 av dessa insektsarter riskerar att dö ut när deras värdväxter försvinner.
Specialiserade arter betraktas ofta som mer känsliga för sådana samutdöenden, till exempel svartfotad iller som lever nästan enbart på präriehundar, som är funktionellt utdöda i större delen av det ursprungliga utbredningsområdet. Vandringsduvans parasit Columbicola extinctus dog inte ut när duvan utrotades, därför att den också parasiterar en annan art som inte är hotad. Även om det finns flera möjliga värdar är det inte säkert att alla fungerar lika bra. Många artsamhällen består av ett stort antal svaga länkar och ett fåtal starka länkar. Om de starka förloras är det inte säkert att de svaga kan kompensera för detta. Det finns dock mycket få dokumenterade fall av samutdöende. Många gånger är parasiterna mindre värdspecifika än vad vi trott.
När ursprungliga arter dör ut lokalt, ersätts de ofta av främmande arter som förs in och etablerar sig med människans hjälp, både genom aktiv transport och därför att de är anpassade till människoskapade miljöer. Hit hör skadegörare som råttor, ogräs, parasiter och sjukdomsalstrare som drabbar våra husdjur, grödor och människans hälsa. Flera globala studier har visat att den lokala artmångfalden inte har minskat, trots att många ursprungliga arter försvunnit. Däremot minskar skillnaden i artuppsättningar mellan olika biotoper, regioner och kontinenter. Resultatet är en utbredd homogenisering (det vill säga likriktning) av faunan och floran. Globalt, lokalt och funktionellt utdöende skadar ekosystemtjänster, som pollinering, kontroll av skadegörare, näringsflöden och nedbrytning, vattenkvalitet och människans hälsa. Stora djur är viktiga i ekosystemen eftersom de transporterar näring och energi över stora avstånd. I haven transporterar valar, sälar och stora fiskar näringsämnen mellan havsdjupen och ytvatten. Migrerande fiskar och havsfåglar för sedan in näringen i sötvatten och över land, där andra stora djur transporterar näringen vidare. Denna globala näringspump driven av megafaunan har förlorat större delen av sin funktion genom funktionella utdöenden. Det innebär att kontinenternas inre förlorar näringsämnen.
Stora växtätare, särskilt elefanter, formar vegetationsstrukturen och ändrar konkurrensförhållanden mellan olika växtarter. Savanner kan bli slutna skogar eller branddominerade vegetationstyper när stora växtätare försvinner. Många ekosystem genomgick sådana förändringar efter utrotningarna i slutet av pleistocen, för cirka 50 000 år sedan. Sibiriens grässtäpper förvandlades till våt mossig tundra, buskvegetation och skog. Växtätarna har också viktiga roller som fröspridare och pollinatörer. Afrikanska elefanter i Kongo sprider i snitt 345 stora fröer per dag, från 96 olika växtarter, åtminstone mer än 1 km. Primater är också viktiga som både pollinatörer och fröspridare i tropiska skogar. Gibbonapor i Thailand har reducerats genom jakt, vilket lett till sämre rekrytering för lapsi-trädet (Choerospondias axillaris).
Utrotning av arter har också direkt effekt på väder och klimat. De utrotningshotade korallerna utsöndrar ett ämne som stimulerar molnbildning. Utan dem skulle regnmängden minska och solinstrålningen öka, med ytterligare uppvärmning som resultat. De stora växtätarna har effekt på klimatet genom utsläpp av växthusgaser, till exempel metan, och genom att de reducerar vegetationen, som är en kolsänka. De nu utdöda stora växtätarna i Arktis underhöll permafrosttäckta gräsmarker genom bete och tramp. Nu tinar permafrosten när albedo-effekten (jordens förmåga att reflektera solvärmen) minskat, och tinande torv läcker växthusgaser.
Det finns tillräckliga bevis för att artmångfald i sig påverkar eller starkt korrelerar med vissa försörjande och reglerande ekosystemtjänster. Ju mer komplexa system som studeras, desto viktigare tycks mångfald i sig vara. För flera av de ekosystemtjänster som undersökts är bevisen dock ambivalenta, och bidraget av mångfald i sig är oklart. Allting fungerar inte nödvändigtvis bättre för att det finns fler arter. Det måste också vara rätt arter. Arters funktionella egenskaper avgör vilken effekten blir på ekosystemet om de försvinner.
Förlust av arter påverkar människans välmåga genom försämrade ekosystemtjänster som pollinering och vattenrening, men framförallt är människan beroende av arter för livsmedelsförsörjning och mediciner. Mellan 50 000 och 70 000 växtarter används i traditionell och modern medicin. Vilda fåglar och fladdermöss reducerar mängden skadeinsekter på grödor. En fladdermusart i Thailand beräknas förhindra förlust av 2900 ton ris per år. Nyttiga insekter som äter skadedjur är värda 4,5 miljarder dollar per år i USA. Arter har också en stor kulturell och estetisk funktion för människan. De ger oss skönhet och inspiration.
Artutrotningen kommer att ge allvarliga ekologiska, ekonomiska och sociala konsekvenser för mänskligheten. Artförlusten under antropocen är en stark drivkraft för globala förändringar, helt jämförbar med andra drivkrafter. Vi kommer att få betala ett högt pris för att ha decimerat den enda uppsättning av liv vi känner till i universum.
* Monofaga herbivora insekter = växtätande insekter som är beroende av en enda växtart.