Artdatabanken bildades formellt 1990, då med namnet Databanken för hotade arter, som ett samarbete mellan Naturvårdsverket och SLU. Databanken hade funnits som försöksverksamhet sedan 1984 med Ingemar Ahlén, Bengt Ehnström och Torleif Ingelög som initiativtagare och drivande personer. Då var huvudfokus att identifiera arter som var hotade och att ge rekommendationer om hur markerna bör brukas för att undvika förlust av arterna. Böcker om faunavård och floravård i skogen och jordbrukslandskapet fick stort genomslag inom de så kallade areella näringarna.
År 1995 ändrades namnet till Artdatabanken. Fortfarande år 2000 var endast 15 personer anställda – att jämföra med 86 i april 2017. Inte minst tack vare ett antal expertkommittéer, med sammanlagt ca 100 av landets duktigaste artexperter, och många andra som frivilligt deltog i floraväkteri eller som rapporterade observationer av hotade arter, kunde Artdatabanken ändå bedriva ett imponerande stort och kvalificerat arbete kring rödlistning, artfaktablad och naturvård.
Genom riksdagsbeslut ökades budgeten först år 2001, och från 2002 med kraftigt utökat anslag fick Artdatabanken uppdraget att genomföra Svenska artprojektet. Tillsammans med uppdragsavtal från Naturvårdsverket från 2004, senare även från Havs- och vattenmyndigheten, kunde verksamheten därmed avsevärt utvecklas och breddas. Från att tidigare i huvudsak haft en kader av artexperter anställdes nu också naturtypsexperter, illustratörer, redaktörer, kommunikatörer och IT-programmerare. År 2004 ändrades också organisationen så att Artdatabanken, från att tidigare ha legat direkt under rektor, nu fördes in i linjeorganisationen under dåvarande fakulteten för Naturresurser och lantbruksvetenskap vid SLU.
Rödlistning
Artdatabanken deltog i början av 1990-talet i den Internationella Naturvårdsunionens (IUCN:s) arbete med att ta fram mer objektiva kriterier baserade på vetenskaplig grund, och ledde senare även arbetet med att anpassa dessa till nationell nivå. Att utvärdera arters risk att försvinna från landet och publicera en nationell rödlista vart femte år är fortfarande en central uppgift. Insamling, analys och presentation av fakta om de rödlistade arterna – förekomst, levnadssätt, biotop- och substratpreferenser, påverkansfaktorer och åtgärdsförslag – är mycket viktiga delar i verksamheten.
Svenska artprojektet
Inte minst genom Artprojektets tillkomst utökades ambitionerna till att arbeta med alla arter, inte bara de rödlistade. Ett mål är att hitta och beskriva alla landets flercelliga arter. Detta kräver inventering och taxonomisk forskning där Artdatabanken årligen utlyser och fördelar 12–14 mkr. Forskningen har hittills resulterat i upptäckten av mer än 3000 arter nya för Sverige, varav ca 1000 helt nya för vetenskapen. Arbetet kräver fungerande biologiska museer och därför fördelar Artprojektet årligen 21 mkr till dessa. Alla landets arter ska efterhand även presenteras på nätet och väsentliga delar som tryckta böcker i form av Nationalnyckeln till Sveriges flora och fauna. Hittills har 17 tryckta volymer av Nationalnyckeln sett dagens ljus, och efter en av förra regeringen påbjuden paus är snart ytterligare volymer på gång.
Naturtyper, naturvård och forskning
Parallellt har arbetet utvecklats att även omfatta tillstånd, trender och rekommendationer om skötsel av landets naturtyper. Detta sker i form av utredningsuppdrag från främst Naturvårdsverket och Havs- och vattenmyndigheten, men även genom remissvar till olika utredningar. Artdatabanken sammanställer vart 6:e år också data om arter och naturtyper till EU enligt Art- och habitatdirektivet.
Forskning om arters förekomst och förändring i förhållande till omgivande miljö och olika skötsel-och förändringsalternativ är sedan 2011 också en del av verksamheten. Just nu är tre forskare och sex postdoktorer anställda.
Informationssystem
All denna verksamhet kräver bra och stabila IT-system och Artdatabanken har idag en stor IT-enhet. Artportalen startades vid Naturvårdsverket, men har sedan 2004 drivits och utvecklats av Artdatabanken. Det är en oerhört viktig källa både för svensk naturvård och det allmänna artintresset. I snitt rapporteras det ca 15 000 artobservationer per dag av artintresserade, inventerare och miljöövervakare. Alla dessa data integreras av Svenska Lifewatch (som leds av Artdatabanken) med ett 15-tal andra databaser och nås såväl i Analysportalen som i till exempel alla länsstyrelsers handläggningssystem. Systemet Artfakta hanterar rödlistning och information om arters utseende, levnadssätt m.m. Allt detta kräver en pålitlig taxonomi där man är överens om vad arter ska heta. Artdatabanken har därför skapat Dyntaxa – svensk taxonomisk databas, som kan ses som arternas folkbokföringsregister.
Kommunikation
Det räcker inte att ha databaser fulla med fakta. Data måste analyseras, kommuniceras och diskuteras. Artdatabankens Flora- och faunavårdskonferens har alltsedan sin start 1992 varit en mycket viktig arena för aktuella naturvårdsfrågor, där bland annat miljöministern brukar presentera regeringens politik. Konferensen lockar mellan 300 och 500 deltagare årligen och är Sveriges största i sitt slag. Sedan 2002 ges också den populärbiologiska tidskriften Fauna och flora ut av Artdatabanken.